Zachowane zapisy historyczne (Księga Beneficjów Retaksowanych Diecezji Krakowskiej z 1513 r.) podają, że już wówczas w Mogilnie istniała szkoła przy parafii. Proboszcz zatrudniał nauczyciela, nauka odbywała się w budynku szkoły parafialnej.
W latach 1896-1899 szkołę parafialną prowadził organista Franciszek Balisiewicz. Naukę elementarza prowadził w okresie zimowym dla mieszkańców gromad: Mogilno, Posadowa, Koniuszowa.
W latach 1904-1905 nauka odbywała się w wynajętej sali w budynku folwarcznym. Mianowany przez C.K. Radę Krajową nauczyciel – Wojciech Śmigut – uczył czytania, pisania i rachunków. Nauka odbywała się cały dzień, były cztery klasy (80 uczniów).
W 1909/10 rząd austriacki wystawił na potrzeby szkoły nowy budynek murowany z jedną salą lekcyjną, nauka była na dwie zmiany.
Od 1937 r. funkcjonowała szkoła dwuklasowa, do której decyzją Kuratorium Okręgu Krakowskiego przeniesiono małżeństwo nauczycieli: Ignacego Dąbrowskiego (kierownika szkoły) oraz Helenę Dąbrowską, która w czasie wojny pełniła obowiązki kierownika szkoły, podczas gdy jej mąż walczył w Armii Krajowej.
Po krótkiej przerwie, spowodowanej walkami toczącymi się w okolicy, od 5 lutego 1945 r. rozpoczęto naukę w udekorowanej Orłem Polskim szkole.
Od 1 września 1945 r. nowym kierownikiem szkoły został Bronisław Rój, a w skład trzyosobowego grona nauczycielskiego weszły: Maria Rojowa, Janina Brzezińska i Wiktoria Brzezińska. Nauka odbywała się w trzech salach lekcyjnych, jednej własnej i dwóch wynajętych.
W roku 1949 kierownik Rój z żoną przenieśli się do Lipnicy Wielkiej, a na jego miejsce mianowano nowego kierownika Mieczysława Ryniewicza, któremu również towarzyszyła żona, Julia. Lekcji religii udzielał w tym czasie ks. Jakub Luraniec. W r. 1968 do szkoły uczęszcza 215 dzieci, a grono pedagogiczne liczy 5 nauczycieli.
12 października 1968 r. oddano do użytku nową szkolę podstawową i nadano jej imię Wojska Polskiego.
Od 1 marca 1968 do 11 czerwca 1986 pełnił obowiązki kierownika szkoły, a wkrótce został jej kierownikiem, Zbigniew Zwolenik, nauczyciel zatrudniony w tej szkole od 1953 r.
1 września 1986 r. dyrektorem szkoły została Jolanta Oleksy i sprawowała tę funkcję nieprzerwanie do roku 2013.
24.01.1997 r. – pierwszy Dzień Babci i Dziadka dla całej wsi
Staraniem miejscowej ludności wybudowano i oddano do użytku w 1999 r. salę gimnastyczną.
W roku 1999 utworzono w Mogilnie gimnazjum. Powstał Zespół Szkół w Mogilnie: szkoła podstawowa i gimnazjum.
W maju 2005 r. się uroczystość nadania imienia gimnazjum. Patronem szkoły został ks. Jerzy Popiełuszko.
11.06.2006 r. – pierwszy Piknik Rodzinny
W 2008 r. przy szkole wybudowano wielofunkcyjne boisko sportowe.
Od 1 września 2013 r. funkcję dyrektora szkoły pełni Małgorzata Skoczeń.
W roku 2014 powstał szkolny plac zabaw.
Na przełomie roku 2016 i 2017 wymieniono posadzkę i wyremontowano salę gimnastyczną wraz z zapleczem, wybudowano bieżnię.
W roku 2017 na skutek wprowadzenia reformy oświaty Zespół Szkół w Mogilnie stał się na powrót szkołą podstawową.
W styczniu 2018 r. utworzono w szkole gabinet profilaktyki zdrowotnej.
Od września 2018 r. po przebudowie parteru utworzono całodzienny (dziesięciogodzinny) oddział przedszkolny.
W roku 2020 do Szkoły Podstawowej im. Wojska Polskiego w Mogilnie uczęszcza 222 uczniów (oddziały przedszkolne, szkoła podstawowa), grono pedagogiczne liczy 26 nauczycieli.
W 2022 roku mamy 217 uczniów i 22 nauczycieli, trzy oddziały przedszkolne i osiem oddziałów szkolnych.
W roku 2026 mamy 214 uczniów i przedszkolaków, 21 nauczycieli, trzy oddziały przedszkolne i osiem oddziałów szkolnych.